معهد الخوئي هو معهد فكري ثقافي علمي يعنى بنشر الثقافة والفكر الإسلامي السمح تطبيقاً لمنهج رسول الرحمة محمد صلى الله عليه واله وأهل بيته عليهم السلام؛ كان تأسيسه سنة ١٤١٧هجري ومن اهتماماته الرئيسية إحياء ونشر آثار الإمام الخوئي (قدس سره) الفكرية والعلمية وغيرها من جميع الجهات.

يعرفُ الكل الإمام الخوئي (قدس سره) بلقب زعيم الحوزة العلمية وهذا اللقب جاء له من الإمام السيد محسن الحكيم (قدس سره) لأسباب من جملتها أنه أجتمع عند الإمام الخوئي (قدس سره) الآلاف من العلماء والفضلاء والمجتهدين فقرروا دروسه وألّفوا في ذلك العديد من المؤلفات – بالإضافة إلى ما سجّله قلمه الشريف – التي أصبحت تلك الكتب اليوم مصدراً ومدار البحث العلمي والتدريس في الحوزات العلمية الشيعية حيث لا يستغني عن مراجعتها أحد.

مما فرض على معهد الخوئي أن تنهض بإخراج هذه الآثار العلمية في مسلسلات فقهية وأصولية وتفسيرية – من أبحاث الإمام الخوئي (قدس سره) التي ألقاها على الفضلاء من طلاب الحوزة العلمية في النجف الأشرف – بتنسيق فريد ومزايا تليق بهذا المستوى من الآثار العلمية.

وكان شروعه (قدس سره) بتدريس الفقه من فروع العروة الوثقى للسيد محمد كاظم الطباطبائي اليزدي رحمه الله في ٢٧– ربيع الأول من سنة ١٣٧٧هجري مبتدئاً بكتاب الاجتهاد والتقليد.

كما كان شروعه (قدس سره) بتدريس علم الأصول في سنة ١٣٥٢هجري.